شهید «وارطان آقاخانیان» فرزند ارشد «گابریِل» و «وارتوش» در بهمن سال 1349 در تهران به دنیا آمد. تحصیلات مقطع ابتدایی را در دبستان ارامنه «نائیری» به پایان رساند.

دوره راهنمایی را نیز در مدرسه راهنمایی ارامنه «سوقومونیان» تهران به اتمام رساند. پس از پایان دوره راهنمایی، برای ادامه تحصیل به هنرستان فنی «آزادی فلسطین» رفت، لیکن بعد از طی یک سال آموزش، ترک تحصیل نموده و تا زمان رفتن به خدمت سربازی، به فراگیری و سپس کار، در زمینه تراشکاری پرداخت. وی دارای یک برادر و دو خواهر بود. «وارطان» در سن هجده سالگی به خدمت سربازی اعزام گردید. پس از طی دوره آموزشی، به جبهه های جنگ تحمیلی منتقل گشته و سر انجام بعد از 9 ماه خدمت مقدس سربازی، بر اثر اصابت ترکش توپ ارتش بعثی عراق، قهرمانانه در جزیره «مجنون » جنوبی، واقع در منطقه عملیاتی جزیره « خیبر » به شهادت رسید. پیکر شهید «وارطان آقاخانیان» پس از انتقال به تهران و انجام مراسم مخصوص مذهبی در کلیسای «تارگمانچاتس»، با حضور انبوه بی¬شماری از خویشاوندان، نزدیکان، دوستان و دیگر هموطنان در قطعه شهدای ارمنی جنگ تحمیلی در تهران به خاک سپرده شد.

 گفتنی است که حضرت آیت الله خامنه¬ای، رهبر فرزانه انقلاب و چند تن از سران وقت ارتش جمهوری اسلامی ایران در منزل شهید بزرگوار حضور یافته و از والدین شهید دلجویی نمودند.
منبع: گل مریم ، نوشته ی دکتر آرمان بوداغیانس، نشر تسنیم حیات، با همکاری نشر صریر- 1385